Historia Wieliczki wiąże się nierozerwalnie z odkrytymi tu w XII wieku pokładami soli kamiennej. Badania archeologiczne wykazały, że w okolicach Wieliczki sól warzono już 3500-2500 lat p.n.e. Po raz pierwszy wzmianka o Wieliczce występuje w dokumencie legata Idziego z lat 1123-1127, określającym dochody z soli klasztoru benedyktynów w Tyńcu. Osada nazwana jest w nim Magnum Sal, co oznaczało Wielka Sól. Z czasem zaprzestano używać słowa Sól, a wyraz Wielka został przekształcony z czasem w Wieliczka. W 1290 roku nastąpiła lokacja Wieliczki. Dokonał jej Przemysł II, potwierdzając dokument przygotowany rok wcześniej przez Henryka IV Probusa, a zezwalający braciom Jeskowi i Hysinboldowi (którzy stali się pierwszymi wójtami) założyć w Wielickiej Soli miasto na prawie frankońskim. Dokument lokacyjny określał też przywileje wójtów i mieszkańców miasta. XIII wieku sięgają również
dzieje wielickiego zamku, który od początku pełnił rolę siedziby administracyjnej Żup Krakowskich – połączonych warzelni i kopalni soli w Wieliczce oraz Bochni. Miasto od początku swego istnienia było nierozerwalnie związane z kopalnią i dzięki niej rozsławione zostało na cały świat. Skarb wielicki służył nie tylko Wieliczce, ale całej Polsce. Dochód z handlu solą stanowił 1/3 dochodu państwa i pozwalał na utrzymanie rodziny królewskiej, gwarantował też pensje dostojnikom państwowym i profesorom Akademii Krakowskiej. Z dochodów tych budowano i restaurowano klasztory i kościoły, a nawet zamek wawelski. Wiele rodzin magnackich i krakowskich mieszczan, takich jak m.in.: Bonerowie, Wierzynkowie,
Morsztynowie, Lubomirscy wzbogaciło się na Żupach Krakowskich.
Intensywny rozwój miasta nastąpił za panowania Kazimierza Wielkiego, który około połowy XIV wieku rozbudował istniejący wcześniej Zamek Żupny, a w 1356 roku ustanowił Sąd Sześciu Miast, w skład którego oprócz Krakowa, Sącza, Bochni,Olkusza i Kazimierza weszła również Wieliczka. W pięć lat później przeniósł miasto z prawa frankońskiego na magdeburskie. W tym czasie powstał szachownicowy układ miasta z centralnie położonym rynkiem, z którego czterech kątów wychodziły po dwie ulice. Miasto zostało otoczone murem obronnym z 21 basztami i dwoma bramami: Krakowską i Kłosowską.
W 1363 roku powstał tu szpital górniczy. Na przełomie XIII/XIV w. ufundowano również kościół parafialny św. Klemensa, który przebudowywany i modernizowany dotrwał do czasów obecnych. Rozwój miejscowości następował również w XVw, kiedy to zbudowany został wodociąg i chodniki. W tym czasie uregulowano także status prawny Żupy w wydanej w 1368 r. „Ordynacji” zwanej później Statutem Żup Krakowskich. Nastąpił wzmożony rozwój rzemiosła, potrzebni bowiem byli handlarze solą, czyli prasołowie, bednarze, kowale, kołodzieje, stolarze, powroźnicy, piekarze, rzeźnicy, krawcy, szewcy, kuśnierze, tkacze a nawet złotnicy.
Kopalnia Soli w dalszym ciągu przynosiła wielkie zyski. W połowie XIV wieku pogłębiony został Szyb Regis. Okres największego rozkwitu wielickiej kopalni przypada właśnie na wiek XVI, kiedy to żupnikami byli Andrzej Kościelecki, Jan Boner i Sebastian Lubomirski. Na przełomie XV i XVI w. w kopalni wielickiej pojawiają się pierwsi zwiedzający. Poczet ich zapoczątkował Mikołaj Kopernik oraz poeci Konrad Celtes i Adam Schroeder, matematyk Joachim von Lauchen zw. Retykiem i wielu innych sławnych ludzi.
W XV wieku powiększył się obszar Wieliczki poprzez nabyte nowe tereny: łąki, pastwiska oraz wsie jak: Kłosów, Marcinkowice, Lednica. Powstają także pierwsze cechy rzemieślnicze. W 1598 roku kardynał Jerzy Radziwiłł dokonał konsekracji dr Leopold Löffler Kazimierz III Wielki drewnianego kościoła pw. św. Sebastiana.
Powolny upadek miasta zapoczątkowany został w 1657 roku, kiedy zostało ono obrabowane i częściowo spalone przez Szwedów. W czasie wojny północnej w 1704 roku zniszczył je pożar. W tym czasie na Wieliczkę spada wiele innych klęsk. Miasto trawią nie tylko pożary, ale też epidemie. Narastają też waśnie religijne między innowiercami a katolikami. Wieliczka zaczyna chylić się ku upadkowi. W celu obrony przed innowiercami ufundowany zostaje kościół Franciszkanów– Reformatów. W 1655 roku sprowadzają się do Wieliczki zakonnicy. Powoli na łono Kościoła katolickiego powracają arianie, wśród nich rodzina Morsztynów.
9 czerwca 1772 roku, w wyniku I rozbioru Polski, Wieliczkę zajęli Austriacy. Zaborca natychmiast wprowadził swoich urzędników, zlikwidował dotychczasowe przywileje, a językiem urzędowym uczynił język niemiecki. Austriacy zajmując Wieliczkę, dostrzegli jednak jej skarb, jakim była kopalnia. Widząc w niej źródło dużych dochodów zadbali o jej rozwój. Ważną sprawą stało się zwiedzanie
podziemi. W tym celu zlecono wykonanie rzeźb solnych i szeregu atrakcji przyciągających licznych zwiedzających, przyczyniając się tym samym do rozsławienia kopalni w świecie.
Do wzrostu znaczenia samego miasta przyczyniło się uruchomienie połączenia kolejowego z Krakowem w 1857 roku, utworzenie pierwszej w Galicji Szkoły Górniczej w 1861 roku, a także ulokowanie siedziby nowo powstałego powiatu wielickiego w 1867 roku. W 1918 roku Wieliczka odzyskała niepodległość, ale miasto było bardzo zaniedbane i zniszczone. Przystąpiono więc do porządkowania i odbudowy Wieliczki. Na Rynku Dolnym w 1933 r. założono planty. W tym też czasie zlikwidowano powiat oraz przeniesiono istniejącą Szkołę Górniczą.
4 września 1939 roku na miasto spadły pierwsze bomby, a 7 września wkroczyły oddziały Wehrmachtu. Wojna uwidoczniła się głównie w eksterminacji Żydów. Część z nich zginęła w Puszczy Niepołomickiej, wielu wywieziono do obozu zagłady w Bełżcu. W odwecie za akcje ruchu oporu okupanci rozstrzeliwują Polaków w publicznych egzekucjach (1943 r.). Mimo to na terenie Wieliczki i okolic działa dobrze zorganizowana Armia Krajowa. W 1944 roku w kopalni powstaje obóz pracy, gdzie miały być produkowane silniki do samolotów. Wyzwolenie Wieliczki nastąpiło 21 stycznia 1945 roku. W zmienionych warunkach ustrojowych zaczęły się tworzyć urzędy i instytucje, powstawać spółdzielcze osiedla mieszkaniowe oraz szkoły.
W tym czasie została zelektryfikowana linia kolejowa Kraków
– Wieliczka. Ważnym wydarzeniem tamtych dni jest wpisanie wielickiej kopalni, 8 września 1978 roku na listę Światowego Dziedzictwa Kulturowego i Przyrodniczego UNESCO.
W 1990 roku Wieliczka przystępuje do nadrobienia zaniedbań
cywilizacyjnych. Nawiązana zostaje współpraca partnerska z miastami europejskimi Bergkamen w Niemczech oraz Saint – Andre – lez – Lille we Francji.
W 1992 roku w wielickiej kopalni, w poprzeczni Mina następuje wyciek wody. Górnicza katastrofa spowodowała ogromne zagrożenie nie tylko dla kopalni, ale również dla całego miasta. Wskutek wycieku zapadło się torowisko linii kolejowej oraz tereny klasztoru oo. Franciszkanów. Ofiarna akcja
ratownicza doprowadziła jednak do zahamowania wycieku. W samej Wieliczce znacznie też poprawiła się infrastruktura sportowo-rekreacyjna gdy w 2011 roku oddane zostało do użytku Centrum Edukacyjno-Rekreacyjne „Solne Miasto”, a w 2014 r. Małopolska Arena Lekkoatletyczna.
W roku 2014 w rankingu najlepszych gmin Małopolski, przygotowanym przez Małopolski Instytut Samorządu Terytorialnego i Administracji, gmina Wieliczka zajęła dotychczas najwyższe – 3. miejsce. Obecnie Wieliczka stanowi znany ośrodek turystyczny. Kopalnia przyjmuje tłumy zwiedzających, chociaż nadal
wydobywa się tu sól kamienną. W kopalni działa podziemne uzdrowisko – sanatorium alergologiczne „Kinga”.